On retrouve une unité dans le monde vivant. La mouche drosophile et l'Homme (qui paraissent si différents) ont par exemple 45% de leur matériel génétique en commun. Il est difficile de croire que cela est du au hasard, par conséquent plusieurs chercheurs en phylogénie (études des similarités entre les êtres vivants) ont formulés différentes hypothèses sur la cause de ces homologies (similarités génétiques strictes).

La théorie la plus admise à ce jour est celle de Darwin, mais elle n'a pas été la seule présentée à l'époque et semble ne pas être la seule valable.

Selon Darwin le principe de sélection naturelle impose une pression évolutive aux espèces. Ces dernières sont alors selon leurs caractères morphologiques et anatomiques adaptées ou non à leurs milieu.

Un groupe présentant un caractère (apparu selon Darwin au hasard aucours du temps) donne ou non un avantage évolutif. Le caractère donnant un avantage évolutif va perdurer tandis qu'un autre, moins adapté entraînera l'extinction du groupe qui le porte. Les groupes divergent ainsi en caractères et crééent, à terme, de nouvelles espèces.

Un exemple de la théorie Darwiniste est celui des girafes au cou long ou court. Lorsque le feuillage des arbres se raréfie les girafes aux longs cou ont plus de nourriture que celles au cou plus court: les girafes au long cou survivent. A l'inverse les girafe avec un cou court meurent. Par conséquent le caractère "long cou" perdure dans l'évolution, le caractère "cou court" lui tend vers l'extinction.

Lamarck, contemporain de Darwin pense quant-à-lui que l'individu d'une espèce est "motivé" par l'évolution. C'est à dire qu'une girafe au cou court (image 1) va évoluer et alonger son cou dans les cas ou la végétation va se raréfier (image 2): L'évolution n'est plus induite par une sélection naturelle mais par une évolution motivée individuelle.

On sait aujourd'hui que les phénomènes à la base de l'évolution son mixtes et sous-tendent des mécanismes de sélection naturelle et d'évolution motivée.

Les homologies retrouvées entre les êtres vivants peuvent être anatomiques ou morphologiques mais peuvent également être génétiques comme nous l'avons vu avec la mouche et l'Homme.

Par étude d'homologies génétiques on sait aujourd'hui qu'une partie des gènes est commun à l'ensemble des êtres vivant sur Terre! Ce matériel génétique provient donc d'un ancêtre commun à l'ensemble des êtres vivants connus. Ce dernier parent à été baptisé LUCA pour Last Unique Common Ancester ( Dernier Ancêtre Commun Unique).

Chaque décussation (séparation entre deux branches) représente donc un ancêtre commun aux espèces des deux branches. Cet ancêtre n'existe pas à proprement parler est n'est qu'un regroupement théorique de gènes et de caractères communs au espèces apparues plus tard dans l'évolution (sur les deux branches partant de la décussation).